Ganz bewusst hat die BOKU darauf verzichtet, die eigene Kompetenzmatrix entlang rein disziplinärer Linien zu definieren. Der hier begangene alternative Weg, der stark bottom-up getragen wurde, ist themenbezogen. Die Forschungsschwerpunkte und Forschungsstärken der BOKU sowie die zugrundeliegenden Drittmittelstrategien werden anhand der sechs Kompetenzfelder dargestellt. Die Tätigkeitsbereiche der BOKU können in drei wesentlichen Schwerpunkten, die gleichzeitig zentrale gesellschaftliche Herausforderung darstellen, zusammengefasst werden (Schwerpunkte gemäß § 13 UG 2002): 

  • Bewahrung von Lebensraum und Lebensqualität 
  • Management natürlicher Ressourcen und Umwelt 
  • Sicherung von Ernährung und Gesundheit

Die Auswahl der Forschungsthemen ist im Rahmen der im Entwicklungsplan strategisch definierten Kompetenzfelder ein ständiger Bottom-up-Prozess, zu dem alle Forschenden der BOKU primär im Rahmen von Forschungsprojektanträgen beitragen. Dabei sind neue, innovative Forschungsansätze ausdrücklich erwünscht. Disziplinäre Exzellenz soll zu inter- und transdisziplinären Ansätzen beitragen. Ziel der BOKU ist es, Forschungsexzellenz im Sinne einer hypothesengetriebenen, primär erkenntnisorientierten Grundlagenforschung mit der angewandten, also der lösungs- bzw. problemorientierten Forschung zu verbinden. Dazu gehören neben der Bewältigung von Krisen (z.B. Biodiversitätsverlust, Klimawandel) auch Lösungen für globale Herausforderungen (z.B. nachhaltige Entwicklung, effiziente Ressourcennutzung, One Health).