Als einzige österreichische Universität bildet die BOKU die gesamte Lebensmittelversorgungskette von der Primärproduktion einschließlich wichtiger Vorketten, der Verarbeitung, der Logistik und dem Handel bis hin zu den Konsument*innen, der Minimierung von Lebensmittelverlusten und dem Schließen der Stoffkreisläufe in Forschung und Lehre umfassend ab. Zentrale Aufgaben sind die Weiterentwicklung der landwirtschaftlichen Produktion im Kontext der Ernährungssicherheit in Zeiten steigender Nachfrage nach Rohstoffen sowie der ökonomischen, soziokulturellen und ökologischen Herausforderungen wie Klimakrise, Wasser- und Nährstoffknappheit, Extremereignisse, Bodendegradation und Biodiversitätsverlust. Die Forschung umfasst Ertragsbildung, Stressresilienz und Schutz sowie Präzisionszüchtung von Nutzpflanzen, Pflanzengesundheit, Züchtung, Ernährung, Haltung und Management von Nutztieren sowie systemorientierte ökologische und konventionelle Landwirtschaft in Europa und im Globalen Süden. Zentrale Themen sind außerdem Lebensmittelauthentizität, -sicherheit und -hygiene sowie Lebensmittelverarbeitung, -qualität und -akzeptanz. Weiters werden die Auswirkungen von wirtschaftlichen und gesellschaftlichen Rahmenbedingungen auf die Primärproduktion und den Lebensmittelsektor untersucht. 

Künftige Forschungsschwerpunkte umfassen die Transformation des Agrar- und Ernährungssystems, Vermeidungs- und Anpassungsstrategien im Kontext von Klimawandel und Ressourcenknappheit, Nachhaltigkeitsbewertung von landwirtschaftlichen Systemen, Einsatz von Informationstechnologien, Remote-Sensing und künstlicher Intelligenz in der Landwirtschaft, Weiterentwicklung von Züchtungs- und Anbaumethoden sowie Tierhaltungssystemen, alternativen Proteinquellen als ressourcenschonende Lebensmittel sowie die Entwicklung neuer Prozesse und Technologien für die Herstellung innovativer Lebensmittel und zur Vermeidung von Lebensmittelabfällen.