In „Nature Methods“ wurde eine neues Software Framework für Quantitative Aussagen über Häufigkeiten von Proteinkomplexen in Proben publiziert, an dessen Entwicklung die BOKU beteiligt ist.

Proteine sind elementare Bausteine des Lebens und für zahlreiche Abläufe in biologischen Organismen verantwortlich. Die eigentliche Funktion eines Proteins kann dabei oft erst dann übernommen werden, wenn dieses im Verbund mit anderen Proteinen einen sogenannten Proteinkomplex bildet. Quantitative Aussagen über Häufigkeiten von Proteinkomplexen in Proben sind daher für die Entschlüsselung biologischer Abläufe von essentieller Wichtigkeit.

Das in der so eben erschienen Nature Methods-Publikation „PCprophet: a framework for protein complex prediction and differential analysis using proteomic data” beschriebene Software-Framework erlaubt es, aus geeigneten Massenspektren Proteinkomplexe vorherzusagen, quantitative Häufigkeiten zu bestimmen und biologische Proben hinsichtlich differentiell exprimierte Proteinkomplexe zu untersuchen. PCprophet wurde am Department of Biology, Institute of Molecular Systems Biology der ETH Zürich (Aebersold Lab) in Zusammenarbeit mit nationalen und internationalen Partnern entwickelt. Dr. Peter Sykacek vom Department für Biotechnologie der Universität für Bodenkultur Wien hat im Rahmen einer wissenschaftlichen Kooperation Algorithmen zu PCprophet beigetragen, die die Wahrscheinlichkeit, dass Proteinkomplexe in unterschiedlichen Proben differentielle Häufigkeiten aufweisen, mittels Bayes-Faktoren ermittelt.

„Das Wissen um interagierende Proteine ist ein essentieller Aspekt, um biologische Prozesse besser zu verstehen. An einem Projekt mitgewirkt zu haben, das Proteininteraktion direkt aus Messdaten ermittelt, ist für mich befriedigend, da PCprophet in den unterschiedlichsten biologischen Forschungsprojekten wichtige Erkenntnisse liefern kann“, so Sykacek.

PCprophet: a framework for protein complex prediction and differential analysis using proteomic data.
Andrea Fossati, Chen Li, Federico Uliana, Fabian Wendt, Fabian Frommelt,
Peter Sykacek, Moritz Heusel, Mahmoud Hallal, Isabell Bludau, Tümay Capraz, Peng Xue, Jiangning Song, Bernd Wollscheid, Anthony W. Purcell, Matthias Gstaiger and Ruedi Aebersold, Nature Methods. doi:10.1038/s41592-021-01107-5, 2021.

Die Publikation kann unter folgendem Link aufgerufen werden:
https://dx.doi.org/10.1038/s41592-021-01107-5.

Kontakt:
Dr. Peter Sykacek
Institut für Computergestützte Biologie
Universität für Bodenkultur Wien
peter.sykacek(at)boku.ac.at
Tel.: +43 1 47654-79165